有机肥料除了直接提供植物养分外，还可以活化土壤难溶性养分，提高土壤供肥强度。

首先，有机肥在矿化过程中产生大量有机酸等，不仅对难溶性养分具有溶解作用，而且其中的有机酸和某些有机化合物可通过鳌合作用，对某些有毒成分起到解毒作用，从而改善土壤健康质量;其次，有机物质在分解过程中产生的大分子有机化合物对铁铝氧化物具有掩蔽作用，从而可减少土壤对一些养分或健康有益元素的固定作用;

第三，可减少养分流失，有机肥料施入土壤后，经过矿化分解，一部分转化为土壤腐殖质，腐殖质中许多大分子含有可解离出氢离子而带负电荷的官能团，因而具有吸附阳离子养分的功能。通常腐殖质的阳离子交换量比粘土矿物大得多。