生物有机肥的生产原料具体可以分为：畜禽粪便：比如鸡粪、牛羊马粪、兔粪；生活垃圾：比如餐厨垃圾等；工业废弃物：比如酒糟、醋糟、木薯渣、糖渣、糠醛渣等。农业废弃物：比如秸秆、豆粕、棉粕等; 城市污泥：比如河道淤泥、下水道淤泥等;山东沃源有机肥料有限公司是一家以生产绿色有机肥为核心、有机无机复混肥为辅，集科研、开发、生产、销售于一体的大型肥料生产企业，年产18万吨。 菌肥是经科学配方、组合加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥。施用菌肥应注意以下几个方面： 因地制宜　对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果更明显。 因温制宜　施用菌肥的最佳温度是25℃～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌最适宜土壤的含水量是60％～70％。 因混制宜　应注意，不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。 因量制宜　对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30％、40％和60％，磷、钾肥只能补足，不能减少。 因时制宜　生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7～10天施用，效果最佳。 微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根、做底肥、追肥，沟施或穴施。 微生物肥料的施用方法比化肥、有机肥要严格，因此要注意：一是避免开袋后长期不用。肥料买回家后尽快施到地里，开袋后尽量一次用完。包装袋打开后其它细菌就可能浸入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。二是避免在高温干旱条件下使用。高温和干旱会影响微生物菌群的生存和繁殖，不能使肥料发挥其良好的作用。三是避免与未腐熟的农家肥或过酸碱的肥料混合使用。这两种肥料会因为温度或酸碱度而影响微生物肥料的正常发挥。四是避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度的抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。