有机肥料可显著提高土壤有机质，而有机质作为一类重要的土壤颗粒猫结剂，对土壤结构的形成和维持结构稳定具有重要的作用。土壤颗粒团聚作用的大小与有机物关系密切，土壤结构稳定性的变化依赖于有机质各组分量的变化，如POM、多糖与脂类，而这些物质的组分量易于变化，它们在土壤中的含童取决于微生物的副产物数量和输入C的量及其矿化速率。

大团聚体(>250 }i m)主要受易变化的SOM组分影响。有机物分解导致长链脂类化合物比例的增加，有利于团聚体稳定性的变化。腐殖质作为最终有机质转化的产物，对微团聚体持久稳定性有利，而生物多糖则起着将微团聚体簇合成大团聚体的功能。正是由于有机肥的这种作用，才使有机肥在调节土壤水、肥、气、热的矛盾以及改替土壤健康质里等方面起着重要作用。