有机肥料是各种养分的载体，其在土壤中经微生物分解，释放出可被植物利用的N, P, K等养分，因此，施用有机肥能增加土壤养分库特别是土壤有效养分库，改善土壤养分状况和提高对作物养分的供给能力。有机肥料还能提供Ca, Mg, S, Fe, Zn, B等作物所需要的中、微量元素。施用有机肥可以全面提高土壤养分的供应容量和强度。此外，有机肥在腐解过程中释放的C02可直接参与作物的光合作用，而其中的腐殖酸、维生素等则是植物生长的刺激物质，也是土壤健康质量赖以维持的有益组分。

需要指出的是，化肥也具有培肥土壤的功能，但有机肥与化肥在培肥土壤方面最大的区别在于对土壤氮素肥力的影响.Cooke曾评论，在高产条件下，厩肥优于化肥的原因之一是前者的供N方式较之化肥氮更适合作物根系对N的吸收利用，而不只是有机肥的施用改变了土壤物理性质。