有机肥的种类来源不同，其成分与含量也不尽相同。但总的来说，有机肥料含有作物所需要的各种矿质元素，称得上是完全肥料。有机肥料中矿质营养元素是肥料的基础，也是最基本的有益成分。

有机成分是有机肥料的又一重要组成物质，也是其不同于无机肥料的主要特征.有机肥料中的有机成分多种多样，既有难溶性的大分子类物质，也有易溶解性的小分子类物质，既有糖类、蛋白质和脂类，又有有机酸、维生素和生物碱类物质。总之，几乎植物体组成中的所有成分在有机肥中都可以找到。不同的有机肥料所含的有机成分各不相同，但就其所含营养元素的组成而言，主要可以分为不含N有机物、含N有机物和含P有机物。

不含N有机物中包括水溶性糖类、淀粉、果胶、半纤维素、纤维素、木质素、脂肪、树脂、丹宁和有机酸、醇、醛和酚等，这其中的大部分物质可以直接与其它物质聚合，或作为微生物的能源物质经微生物分解转化后与其他物质聚合形成土壤中的有机结构物质，这些有机结构物质是维持土壤结构的重要成分;其中的维生素、激素、酶、生长素以及叶酸等能够促进作物生长，提高作物的抗逆性，是有机肥中的微量活性成分;再者就是酚类物质，具有抑制脉酶和反硝化微生物的作用:

其中的有机酸可以和土壤中的难溶性养分鳌合，增加其在土壤中的溶解性，起到了活化土壤潜在养分的作用，从而提高难溶性磷酸盐以及微量元素的有效性.有机肥中的含N有机物主要是蛋白质、氨基酸、肤、酞胺、生物碱、尿素、尿酸、胡敏酸、富里酸、胡敏素以及某些维生素和生长素等;常见的含磷有机物有核蛋白、磷脂、植素、磷酸腺昔核酸等。这些经分解和转化后可以释放N、P营养元素为植物所用，除此之外，S、Fe、ca和微量元素往往也是有机肥有机物的组成元素，因而也是有机肥中极其有用的成分。