新型肥料专用配方肥既可当底肥施用，也可根据作物生长需要作为追肥施用。北京市土肥系统已制定发布了主要作物测土配方施肥肥料配方26个，可作为小麦、玉米、蔬菜、果树、马铃薯、甘薯、大豆等多种作物专用配方肥，农民可以根据自己所在区域以及作物种植种类和作物生长阶段，选购相应的专用配方肥料。

商品有机肥一般作底肥施用，也可以用作追肥。在用法上，根据土壤肥力不同推荐量也有所不同，对高肥力新菜田，可以控制精制有机肥用量在300~500公斤/亩；中肥力新菜田可亩施用1吨精制有机肥；低肥力新菜田要强化培肥力度，亩需精制有机肥约1~2吨。有机肥作底肥时，配合施用少量的氮磷钾复混肥或磷钾肥，作底肥施入效果会更佳。有机无机复混肥，其养分含量较高，作底肥的用量应少于精制有机肥；在作物生长中期还可根据情况作追肥施用。

水溶性肥常规水溶性肥料含有作物生长所需要的全部营养元素，如氮磷钾及各种微量元素等。施用时，可以根据作物生长所需要的营养需求特点来设计配方，避免不必要的浪费；由于肥效快，还可以随时根据作物长势对肥料配方做出调整。

微量元素肥施用微肥时要根据土壤中微量元素的缺少状况，缺什么补什么，不可盲目施用或过量施用；根据土壤的酸碱度，有针对性地施用；根据作物对微量元素的反应选择施用；根据天气状况补充相应的微量元素。温度和雨量会影响土壤中微量元素的释放和作物对它们的吸收。

微生物肥施用时应选用合格产品，尽量减少微生物的死亡，创造适宜的土壤环境，因地制宜选择不同类型，避免在高温干旱条件下与未腐熟的农家肥混用。

缓控释肥多用于底肥，多数作物施用一次可满足作物整个生长期对营养的要求。

土壤调理剂目前，南果北种的设施保护地，为调节土壤酸碱度需要使用此类肥料。