有机肥氨基酸是蛋白质的组成部分，它可以合成肽，进而合成蛋白质;反过来，将富含蛋白质的动、植物下脚料如皮革、毛发和豆类等有机废料，通过化学水解或生物发酵，又可以制成氨基酸和多肽类肥料。

氨基酸肥料其中，氨基酸与钙、微量元素等制剂混合浓缩得到的水溶性肥料主要作氨基酸叶面肥。农业部技术标准(NY1106—2006)规定，微量元素型含氨基酸水溶肥料的游离氨基酸含量，固体产品和液体产品分别不低于10%和100g/L;至少两种微量元素的总含量分别不低于2.0%和20g/L;水不溶物的含量分别不超过2.0%和50g/L。钙元素型含氨基酸水溶肥料也有固体产品和液体产品两种，各项指标与微量元素型相同，唯有钙元素含量，固体产品和液体产品分别不低于3.0%和30g/L。

氨基酸肥料在应用上主要作叶面肥，也可以用于浸种、拌种和蘸秧根。浸种一般在稀释液中浸泡6～8小时，捞出晾干后播种;拌种是用稀释液喷施种子表面，放置6小时后播种。具体稀释浓度和操作方法可参阅产品说明书。

多肽类肥料肽是蛋白质降解成氨基酸，有机肥或有氨基酸合成蛋白质的中间产物，即是氨基酸的聚合体。例如，所谓多肽增效肥料就是通过特定工艺在肥料中添加水溶性多肽——聚天冬氨酸而制成的。聚天冬氨酸(SASP)可以人工合成，其天然物质存在于贝壳类海洋生物的黏液中。实践表明，多肽类肥料有显著增产作用。再如，由澳大利亚研发，国内已有厂家生产的多肽增效尿素，就是在现代尿素生产工艺中加入金属蛋白酶而制成的。金属蛋白酶是一种含有金属离子，并依靠这些离子催化肽键水解的蛋白水解酶，无毒、无污染、可降解，不但本身含氮，还可活化磷钾等养分，有助于破除土壤板结。

目前国内多肽类肥料正处于开发之中，尚无国家或行业技术标准，有机肥其施用方法要参阅产品说明书，效应大小应以实际效果为准。