有机肥有利于改善土壤肥力。有机肥较之化肥的一个突出的特点就是可以培肥土壤，土壤有机质含量是衡量土壤肥力的一项重要指标，是土壤肥力的物质基础。

土壤有机质直接影响着土壤的保肥性、保水性、缓冲性和通气状况等。目前我国耕地中，80%的面积缺氮，50%缺磷，30%缺钾，有机质不足1%。而各类有机肥资源中通常含有机质60%以上，含氮2.5%，含磷2%以上，不但是良好的肥源，还是良好的土壤改良剂。

有机肥有利于提高产品品质。由于有机肥养分全面，既含有多种无机养分，又含有多种有机养分，还含有大量微生物和酶，保证了果品生长所需养分的全面均衡供给，因而具有改善果品品质，保持其固有营养风味的作用。以氮素营养而言多以NH4+或氨基酸形式供给植物，进入植物细胞后无需消耗大量能量和植物光合作用产物，如糖分和有机酸等，直接参与植物细胞物质的合成，故植物生长快，积累的糖分等物质多，自然农产品质量好，且很少有硝酸盐等有害物质污染。