有机肥中含有的或分解产生的某些物质对植物根系具有抑制作用，如秸秆在分解过程中常释放出大趁的有机酸积累于作物根部而危害根系，尤其是低级饱和脂肪酸对作物的危害性更大。常见的有机酸有害性顺序为:丁酸>丙酸>乙酸>甲酸>草酸。在水田嫌气条件下，秸秆可分解产生香草酸、P一香豆酸、丁香酸、儿茶酸、阿魏酸等腐解产物，它们不但能抑制种子萌发，还会伤害作物幼根.乙酸浓度大于1x10'3mg}L''时，能降低作物对P, K和Si等无机营养的吸收功能。

不同来源的有机肥可能含有一些特殊成分，如城市污水和污泥中含有一些有害重金属元素，这类有机肥如果不经处理或处理不当而直接施入农田，不可避免地会造成土壤中重金属的累积，一旦进入食物链中将会危害人体健康。在当前，为提高动物肉、蛋产量，减少发病率，畜牧业生产往往使用各种添加剂，如生长激素、抗生素和有机砷酸、含铜化合物等，这些物质最终都不程度随动物粪尿排出，因此，长期施用粪肥就可能导致其中一些有害物质在土壤中累积。据Chang等和Kingery等研究报道，在长期大量施用粪肥的条件下，土壤表层Cu, Zn有明显累积}sa}.重金属对土壤的污染常常是永久性的，而且在很大程度上是不可逆过程.因此，施用污泥类有机肥必须慎重，一些国家还制定了土壤重金属最大允许负荷指标。

多数有机废弃物如粪尿类、堆肥类以及城市垃圾等都携带一些病原菌等，它们不仅对土壤健康有害，而且通过不健康土壤传播病菌，进而影响植物生长和危害人类健康。某些有机肥如畜禽粪便与污泥中还含有一些难分解的有机物质，它们常常随污水排放进入水体，而且也可在土壤中长期残留，使水体和土壤发生污染.